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São Francisco Xavier, cofundador da Companhia de Jesus, nasceu e viveu neste castelo. A sua construção remonta ao século X, mas ao longo dos anos, até ao século XV, sofreu diversas remodelações. É um bom exemplo de fortaleza medieval e um dos locais mais visitados de Navarra. Todos os anos, no mês de março, quando se celebram as Javieradas, tem a tradição de acolher os peregrinos que todos os anos se dirigem à localidade de Javier.

Está listado como Bem de Interesse Cultural e Patrimônio Histórico da Espanha. O nome de Javier vem do basco etxeberri (“casa nova”), que na sua evolução se tornou javier. A grafia original é Xavier, enquanto em basco se escreve Xabier.

É composto por três órgãos, escalonados sucessivamente por ordem de antiguidade. Os destaques incluem a “Torre del Santo Cristo”, baluarte e capela onde existe um interessante crucifixo do gótico tardio e uma série de pinturas murais representando a dança da morte, única em Espanha; a “Torre de Homenagem”, chamada São Miguel (a parte mais antiga do castelo) e o museu dedicado à vida do santo. Nas suas bases existem vestígios e rodapés muçulmanos que poderão remontar ao século X. No século XI formou-se o primeiro recinto envolvente que albergou as primeiras salas. No século XIII, foram acrescentados dois corpos poligonais e duas torres flanqueadoras nas quatro orientações.

O castelo e a vila de Javier foram conquistados por Sancho VII de Navarra por volta do ano 1223. Um nobre aragonês os havia dado como garantia de um empréstimo de 9.000 salários que lhe foi concedido pelo monarca navarro, mas quando o prazo expirou e ele não conseguiu efetuar o pagamento, passaram a ser propriedade de Sancho. Não foi a primeira vez, nem seria a última, pois Sancho VII foi um dos grandes credores da Coroa de Aragão e, graças aos empréstimos não reembolsados, apoderou-se de uma série de vilas e castelos dados em garantia que o ajudaram a reforçar as suas fronteiras com Aragão: Escó, Peña, Petilla, Gallur, Trasmoz, Sádaba, etc.

No início do século XX, a Duquesa de Villahermosa doou o castelo e a basílica à Companhia de Jesus com a condição de que fossem mantidos tal como lhe foram entregues. Na cripta da basílica repousam os restos mortais daqueles que contribuíram para a reconstrução do castelo e construção da basílica: a Duquesa de Villahermosa, seu marido José Manuel de Goyeneche (Conde de Guaqui) e os irmãos María Josefa (Duquesa de Goyeneche), Carmen (Duquesa de Gamio) e José Sebastián de Goyeneche y Gamio (fundador da Fundação Goyeneche).

São Francisco Xavier nasceu no castelo de seus pais, María de Azpilicueta e Juan de Jaso, em 7 de abril de 1506. Seu pai era Doutor em Direito e Presidente do Conselho Real. Sua mãe pertencia à nobreza local. Seus irmãos mais velhos eram Magdalena, Ana, Miguel e Juan. O castelo foi sua casa por 19 anos. De lá foi estudar na Universidade Sorbonne, em Paris, onde reencontrou Inácio de Loyola. Com este e outros amigos decidem fundar a Companhia de Jesus.

Com o patrocínio do rei de Portugal, embarcou na tarefa de evangelizar as Índias Orientais. Durante estes anos realizou o seu trabalho missionário na Índia, nas Molucas, em Malaca, em Moçambique... até chegar ao Japão. Justo no momento de realizar a sua maior aspiração, entrando na China para continuar a sua missão evangelizadora, faleceu na costa da ilha de Sancián, em 3 de dezembro de 1552. Francisco de Javier foi canonizado em 12 de março de 1622.

Hoje, entre outras coisas, é o padroeiro de Navarra, de vários países como o Canadá e a Austrália, dos atletas navarros em geral e dos pelotaris do mundo em particular, padroeiro da Juventude Navarra, das Misiones, do turismo em Espanha. Anualmente, na primeira quinzena de março e coincidindo com a Novena da Graça, Javier torna-se meta de peregrinação penitencial para toda Navarra. O número médio de visitantes é de 30 mil pessoas por fim de semana.